PCR標(biāo)準(zhǔn)操作流程詳解
一、概述
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase Chain Reaction,簡(jiǎn)稱(chēng)PCR)是一種在體外合成雙鏈DNA的技術(shù)。其原理模仿了天然DNA的復(fù)制過(guò)程,通過(guò)特異引物和高特異性酶,確保反應(yīng)的特異性。典型的PCR反應(yīng)包括三個(gè)步驟:變性、退火和延伸,通過(guò)多次循環(huán),最終獲得目標(biāo)DNA片段。
二、試劑準(zhǔn)備
以下為進(jìn)行PCR反應(yīng)所需的試劑及其終濃度:
試劑 終濃度 | PCR buffer 1x |
dNTPs <0.4mM | Forward primer <0.4uM |
Reverse primer <0.4uM | Template DNA <100ng |
熱啟動(dòng)酶 5U | ddH2O Up to 50 ul |
三、操作步驟
1. 配置反應(yīng)體系
將以下成分按順序加入0.5ml的離心管中:
l 加入PCR buffer。
l 加入dNTPs。
l 加入Forward primer。
l 加入Reverse primer。
l 加入Template DNA。
l 加入熱啟動(dòng)酶。
l 用ddH2O補(bǔ)至總體積50 ul。
注意:使用熱啟動(dòng)酶時(shí),可在常溫下操作;非熱啟動(dòng)型酶需在低溫下配置反應(yīng)體系。
2. 設(shè)置反應(yīng)條件
根據(jù)試劑盒說(shuō)明書(shū)設(shè)置反應(yīng)時(shí)間和溫度,完成擴(kuò)增后進(jìn)行電泳鑒定。
3. 瓊脂糖核酸電泳
① 準(zhǔn)備電泳器具,用蒸餾水洗凈并架好梳子。
② 根據(jù)所需分離的DNA片段大小,制備適當(dāng)濃度的瓊脂糖凝膠。
③ 將瓊脂糖和電泳緩沖液(TAE或TBE)加入錐形瓶中,加熱融化后冷卻至40℃左右,混勻并倒入電泳槽。
④ 室溫下凝固凝膠,拔出梳子,準(zhǔn)備點(diǎn)樣。
⑤ 在電泳槽中加入電泳緩沖液,確保覆蓋凝膠表面。
⑥ 混合5ul樣品、1ul的6xLoding buffer和1ul染料,緩緩注入點(diǎn)樣孔,避免串孔。
⑦ 接通電源(紅正黑負(fù)),設(shè)置電壓40-60V,電泳時(shí)間30-40min,根據(jù)溴酚藍(lán)的位置判斷是否終止電泳。
⑧ 電泳結(jié)束后,關(guān)閉電源,進(jìn)行凝膠成像觀察,并對(duì)比marker確定片段大小。
不同瓊脂糖濃度對(duì)應(yīng)的DNA片段大小如下表:
瓊脂糖濃度/% DNA 大小 /kb | 0.3 5-60 |
0.5 1-30 | 0.7 0.8-12 |
1.0 0.5-10 | 1.2 0.4-7 |
1.5 0.2-3 | 2.0 0.05-2 |
四、注意事項(xiàng)
引物設(shè)計(jì)
? 引物應(yīng)設(shè)計(jì)在cDNA的保守區(qū)域。
? 引物長(zhǎng)度應(yīng)在15-28bp之間。
? GC含量應(yīng)在40%-60%之間。
? 避免引物自身形成發(fā)夾結(jié)構(gòu),完成后進(jìn)行BLAST驗(yàn)證。
模板DNA
? 模板可以是單鏈或雙鏈DNA。
? 不同來(lái)源的模板起始濃度有一定要求。
? 模板提取后應(yīng)注意保存,避免降解。
其他
? 選擇合適的Taq DNA聚合酶。
? 確保四種dNTP濃度相同。
? 操作過(guò)程中戴手套,保持環(huán)境干凈,防止污染。
? PCR用水需經(jīng)過(guò)高壓滅菌或0.2um濾膜過(guò)濾。
五、常用試劑配方
電泳緩沖液
50xTAE(pH8.5)
Tris 242g
EDTA(Na)37.2g
? 加入800ml去離子水,攪拌溶解
? 加入57.1ml乙酸,調(diào)pH至8.5后定容至1L
10xTBE(pH8.3)
Tris 108g
EDTA 7.44g
硼酸55g
? 加入800ml去離子水,攪拌溶解,調(diào)pH至8.3后定容至1L
上樣緩沖液(6xLoding buffer)
0.25%二甲苯青
0.25%溴酚藍(lán)
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