發(fā)酵工程培養(yǎng)基主要使用發(fā)酵培養(yǎng)基：
發(fā)酵培養(yǎng)基是指為了在生產(chǎn)中更加利于菌種代謝產(chǎn)物的生成而設(shè)計的培養(yǎng)基，這類培養(yǎng)基常見的主要有以下幾種：
SOB（Super Optimal Broth）培養(yǎng)基：是一種富營養(yǎng)培養(yǎng)基，其配方為：2% 胰蛋白胨,0.5% 酵母提取物,10mM NaCl,2.5mM KCl,10mM MgCl2,10mM MgSO4。與LB培養(yǎng)基相比，SOB培養(yǎng)基中含有兩倍多的蛋白胨，富含更多的氨基酸及多肽。此外，SOB培養(yǎng)基中含有鎂離子，鎂離子是高密度培養(yǎng)必須的離子。利用SOB培養(yǎng)基培養(yǎng)大腸桿菌在普通條件（250rpm）下?lián)u瓶培養(yǎng)，菌濃可達到OD600 3-5左右，如果提高轉(zhuǎn)速到350rpm，OD600最高能夠達到10-15。此外，大腸桿菌在SOB培養(yǎng)基中具有更高的轉(zhuǎn)化效率，因此SOB培養(yǎng)基常被用來制備感受態(tài)細胞。
SOC（Super Optimal broth with Catabolite repression）培養(yǎng)基：在SOB的基礎(chǔ)上添加終濃度20Mm的葡萄糖即為SOC培養(yǎng)基，其配方為：2% 胰蛋白胨,0.5% 酵母提取物,10mM NaCl,2.5mM KCl,10mM MgCl2,10mM MgSO4，20mM葡萄糖。培養(yǎng)基中的葡萄糖充當分解代謝抑制物。一般來說，大腸桿菌傾向于以葡萄糖作為碳源，培養(yǎng)基中由于葡萄糖的存在，其它碳源的分解就會被抑制。由于葡萄糖的存在，乳糖不會被代謝，乳糖操縱子被抑制，外源基因不會發(fā)生表達，減少了外源基因表達給細胞生長帶來的壓力。因此，利用SOC培養(yǎng)基進行轉(zhuǎn)化反應(yīng)時，熱激后細胞生長的速率會比LB培養(yǎng)基中高出很多。
2x YT （Yeast extract and Tryptone）培養(yǎng)基：是一種比LB培養(yǎng)基營養(yǎng)更為豐富的培養(yǎng)基，配方為：1.6% 胰蛋白胨,1% 酵母提取物,0.5% NaCl。與LB培養(yǎng)基成分相比，2x YT培養(yǎng)基中包含有更多的的酵母提取物和胰蛋白胨，營養(yǎng)更加豐富，細胞可以生長更長的時間，菌體濃度更高。2x YT培養(yǎng)基主要用來進行大腸桿菌以及像是M13這樣的細菌噬菌體的培養(yǎng)。
TB（Terrific Broth）培養(yǎng)基：是一種添加了磷酸鹽的復合型培養(yǎng)基，配方如下：2 % 胰蛋白胨,2.4%酵母提取物,72mM K2HPO4,17mM KH2PO4,0.4% glycerol。與LB培養(yǎng)基相比，TB培養(yǎng)基中除了多出20%的胰蛋白胨和380 %的酵母提取物以外，還多了 0.4%的甘油作為額外的碳源。這些元素能夠支持大腸桿菌在正常的搖瓶培養(yǎng)條件下達到更高的菌體密度，其OD600可達5–8。該培養(yǎng)基通常用于蛋白質(zhì)表達和質(zhì)粒提取。
SB （Super Broth）培養(yǎng)基：其配方為：3.2% 胰蛋白胨,2% 酵母提取物,0.5% NaCl。與LB培養(yǎng)基相比，SB培養(yǎng)基成分中多出了220%的胰蛋白胨和380%的酵母提取物。該培養(yǎng)基的蛋白胨和酵母提取物中包含的主要營養(yǎng)元素遠遠超過細胞生長達到飽和時所需的量。該培養(yǎng)基主要用于質(zhì)粒以及蛋白質(zhì)的提取。
M9培養(yǎng)培養(yǎng)基：低鹽(M9)培養(yǎng)基含有必需鹽和氮，傳統(tǒng)上由葡萄糖、氨基酸和維生素作為補充物。M9培養(yǎng)基適用于大腸桿菌菌株的非選擇性培養(yǎng)，用于克隆、生產(chǎn)DNA、質(zhì)粒DNA和重組蛋白。如果添加適當?shù)目股?，它也適用于選擇性培養(yǎng)帶有抗生素抗性的菌株。
GYT培養(yǎng)基：是一種可以用于各種細菌培養(yǎng)的培養(yǎng)基,是分子生物學常規(guī)試劑，主要由胰蛋白陳、酵母提取物、甘油等組成。
MBL培養(yǎng)基：是一種以葡萄糖、蛋白胨、酵母粉、KH2PO4、KHPO4、(NH4)2HPO4、MgSO4為主要成分的發(fā)酵培養(yǎng)基。
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